农村环境污染主要原因有:农村环境保护投资力度不足，农村环境基础设施建设滞后，农村环境管理基础薄弱，农村环境保护政策法规不完善，农村环境保护意识较为薄弱等。

一、农村环境保护投资力度不足

在城乡环境二元结构发展模式下，国家公共财政长期忽视对农村环保的投入，城乡环境保护投入相差甚远。城市环境保护投入主要来自各级政府预算资金及预算外资金，有较为充分的保障。农村环境保护投入主要靠农民或农村投入，使得农村环境保护投入没有保障，拉大了城乡环境建设的差距。

农村环境保护属于责任主体难以判别或责任主体太多、公益性很强、投资回报率较小的领域，对社会资金缺乏吸引力。农村聚居点和小城镇由于单体市场规模小，其基础设施建设和运行难以进行市场化运作，因而必须依赖财政资金，而乡镇和村一级行政组织普遍财源不够，难以建设污染治理基础设施，这就造成了农村聚居点污染日趋严重并将继续严重的状况。

目前全国约有60万个行政村，按照其中1/3即20万个行政村迫切需要治理，每个行政村治理需要100万元，中央和地方各投资50％测算，共需中央财政投入1000亿元。虽然自2008年中央财政设立中央农村环保专项资金以来，3年共安排资金40亿元，带动地方资金投入近80亿元，2011~2012年中央财政还计划安排95亿元支持各地开展农村环境综合整治，但在农村环境保护中，除各种创建示范点有少量投入外，绝大多数县(市)农村环保投入均为空白。如全国仅有6％的村庄有垃圾清理资金，因此我国农村环境污染治理资金缺口仍然很大。

农村环保投入不足导致环境基础设施建设落后，环保队伍自身建设难以跟上形势需要，环保机构设置滞后，缺乏有效的手段解决农村环境污染问题。

二、农村环境基础设施建设滞后

长期以来，重城市、轻农村，重工业、轻农业，重点源、轻面源的环保工作城乡差距十分突出，农村环保欠账过多。近年来，尽管我国农村环境保护加快发展，但总体上仍然处于滞后状态，仍是农村现代化建设中的一块短板。目前，农村环保社会服务的覆盖面和公平性相当不够，整体水平与老百姓改善农村环境质量的要求明显不相适应。农村地区环境基础设施建设相当落后。全国4万多个乡镇、约60万个行政村，绝大多数没有环境基础设施。以畜禽养殖业为例，我国大部分养殖场都是因陋就简，没有建设必要的污染处理设施，造成了较为严重的环境污染。

三、农村环境管理的基础薄弱

我国农村环保工作重建设轻管理、重硬件轻软件、环境质量反弹等问题依然突出，缺乏完善和长效的农村环保长效管理机制。主要表现在:农村污染治理相关政策的针对性和可操作性不强，保障机制尚未建立；农村污染治理控制上尚缺乏系统性、针对性的全套管理机制，也缺乏城乡之间的生态补偿机制；现行的管理政策、条例等比较分散，针对农村生活污染控制政策考评体系、问责制度、污染物监管机制等尚未建立。

目前，诸多的环境法规与政策对农村环境管理和污染治理的具体困难考虑不够。例如，对污染物排放实行总量控制制度，对点源污染控制有效，但不能有效地解决面源污染问题。加上基层管理机构缺乏、监管制度缺失和一些地区对农村环境污染严重性认识不足，农村环境基础设施建设尚没有进入地方官员政绩考核体系，导致我国农村环境污染现象严重。

据笔者了解，多数省级环保部门没有设立负责农村环保的专职处室，县级及以下基层环保部门力量更为薄弱，95％以上的乡镇没有设立环保机构。农村环保缺乏必要的监测、监察设备和能力，无法有效开展工作。

四、农村环境保护政策法规不完善

目前，我国环境保护的立法重点局限于城市与工业，有关农村环境保护的法规不多，城乡环境保护法制建设、环境保护机构设置、环境保护组织以及执法管理等差异化明显。现行的环境保护法律、法规、标准在农村的成效有限，适用性不强，针对性和可操作性不强，相关排放标准还存在空白，不能有效解决日趋严重和复杂的农村环境问题。

农村环境保护立法工作尚处于起步阶段，基础较为薄弱。当前农村环境保护立法不健全，对于农村养殖业污染、农村饮用水及饮用水水源保护、农村生活污染、农村环境基础设施建设、农业废弃物回收利用管理等方面的立法严重不足。

我国现在还没有一部独立的农业环境保护法律、法规。《环境保护法》、《农业法》对农业环境保护虽有涉及，但未能将农业环境与农业自然资源的保护协调起来；一些重要的农业环境领域如农业水源保护、农药污染防治、中小企业环境管理等存在立法空档。虽然环境保护部已发布农村生活污染防治技术政策，但有关农村面源污染防治和农作物秸秆利用等方面的技术政策、污染物排放标准和工程技术规范等不全面，尚不能从法律法规和政策上给予足够的保障，促进农村环境保护方面的力度远远不够。

五、农村环境保护意识较为薄弱

环境意识薄弱、缺乏科学发展观念是导致农村环境污染产生的根本原因。首先，一些地方政府没有树立正确的政绩观，片面追求经济效益和短期的政绩，在招商引资过程中没有把环境保护和生态建设放在优先位置考虑，没有将科学发展观落实到实际工作中。片面追求经济利益和眼前利益，以牺牲环境为代价追求经济增长，走“先污染、后治理”的不可持续发展道路。其次，部分乡镇企业负责人环境法制观念不强，在利益驱动下，对污染防治消极对待，企业污染治理设施缺失，污染物偷排偷放现象严重。再次，由于对农村环境宣传教育力度不够，农民环境意识总体上不是很强，由于生存、生活、发展是其第一需要，农民往往会对涉及自身利益的环境违法行为进行举报或投诉，而对自身破坏或影响环境的行为缺乏自我约束。