水质污染对渔业产品的危害严重。近年来，由于河流污染严重，水产品质量显著下降。水质检测污染能直接引起水生生物体内有害物质的积累，尤其是重金属可通过不同途径进入水生生物体，并被高度富集在机体内，对水生生物生长、发育造成潜在性危害，并通过食物链间接对人体造成严重的危害。世界上第一例因环境污染而诱发的先天畸形病一20世纪50年代震惊世界的日本“水俣病”，就是因为有数十万人食用了被甲基汞污染的鱼虾而造成的。而水体富营养化还会导致藻类大量繁殖，并产生一类能对水生生物和人体健康有毒害作用的藻毒素。

　　1996年，福建东山岛有136人因食用被藻毒素污染的水产品而中毒。2005年3月，香港有市民食用被藻毒索污染的海产品而出现晕眩、四肢麻痹、视力模糊及抽筋等症状。2009年10月，宁夏固原市也发生了藻毒素致鱼类中毒的疫情。

　　水质污染对农产品的影响主要是通过污灌的方式造成的。自20世纪50年代以来，我国一些地区采用污水灌溉的方式来回用水、肥，然而，却带来了污灌农产品的食用安全问题。大量直诽和未经妥善处理的话水被用于农田灌溉，可使多种污染物如汞、铝、铅等在粮食和蔬菜中累积，若以受污染的粮食和蔬菜饲养家畜与家禽，污染物又会在畜产品(如鸡蛋和牛奶)中进一步富集。据我国重点污灌区的主要农畜产品质量(有害物质残留)的调查统计，主要农畜严品卫生指标的本合格率为粮食12%、蔬菜17.9%、水果15.8%、肉类8.6%、禽蛋19%、鲜奶2%。而这些食物中所含的病原体、致突变或致癌物质通过食物链迁移到人体内，导致寄生虫、肠道疾病、肿瘤的发病率和死亡率大幅度上升。

　　此外，水质污染对食品加工也有影响。例如，水中微生物泥染可造成食品的腐败变质;无机污染物特别是金属污染物使食品出现金属异昧如铁锈味，也可影响加工品质量;另外，许多金属污染物都能加速油脂酸败而使食品发生腐败变质。