环境科学系成立于1999年，其中的环境监测专业建立于1978年，是我国最早成立的环境专业之一。环境科学系现有污染防治与环境规划管理研究室，环境化学与监测研究室，具有环境科学博士、硕士和学士学位授予权，有博士生导师2人、硕士生导师6人。另外还有双聘中国工程院院士1名。目前有40余名硕士、博士研究生和120余名本科生在读。实验室拥有先进的环境监测设备，例如等离子体发射光谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、分子荧光光谱仪、傅利叶变换红外光谱仪、紫外-可见光谱仪等。
全系共有在职教师12人，其中：教授2人，副教授6人，高级实验师1人，讲师2人，实验师1人；具有博士学位的教师10人。
环境科学系承担着全校本科生公共基础课“化学与环境”和“化学与环境实验”、校选课“环境经济学”和“环境材料学”以及环境科学专业全部和环境工程专业部分本科生和研究生课程的教学任务。其中《化学与环境》、《环境质量评价》课程为北京市精品课程，环境科学系教师所编著的这两门课程的教材被评为北京市精品教材。主要的研究方向包括：环境规划与管理、环境分析与监测、环境污染控制技术、环境经济与循环经济等。
近五年来，环境科学系教师已经完成和正在进行的主要研究项目包括： 国家“863”、“973”、国家科技部“十一五”支撑计划、北京市科委重大项目、环保部公益项目、国家自然科学基金项目、北京市环保局绿色奥运重大项目、北京市自然科学基金重大项目和面上项目、北京市教委项目等。在研科研经费超过1000多万元，在国内外期刊和学术会议发表学术论文200多篇，出版专著、教材3部。